Henner est issu d’une famille de cultivateurs alsaciens établis à Bernwiller dans le Haut-Rhin. De l’union de ses parents, Georges Guillaume Polycarpe Henner (1772-1843) et Magdeleine Wadel (1782-1857), sont nés six enfants : Marie-Anne (1809-1893), Ignace (1812-1834), Séraphin (1815-1894), Madeleine (1819-1852), Grégoire (1823-1890) et Jean-Jacques (1829-1905). Henner peint les membres de sa famille tout au long de sa vie, humble témoignage de son affection et son admiration.